Maintenant convaincu que Eisuke Hondo a quelque chose à voir avec l'organisation des hommes en noir, Conan mène sa propre enquête. Alors que Kogorô est appelé pour une affaire étrange, il tombe par hasard sur une affaire de meurtre qu'il va aider à résoudre. Tout se passe bien, mais Conan apprend de tristes nouvelles : l'organisation est sur la trace de Rena Mizunashi, pourtant cachée par le FBI.