在一次实验中,NERV 本部的电力供应忽然中断,仅有的后备电力被用于维持 MAGI 系统。正当 NERV 处于一片混乱时,第九使徒由海岸登陆。第三新东京市内的真嗣、丽与明日香,听到警报后,努力寻找可到 NERV 的通道。同时,元渡他们用自己的手为 EVA 的发进作好了准备。三机发射后,联合作战成功地击毁使徒。 (这次剧本所主要描写的,是受到来自人类阴谋破坏而陷入危机的 NERV,与第七话有一定相呼应之处。导入部分从 NERV 职员们的日常生活开始,强调了作品的生活氛围。之后,对于日常(可使用电器的状态)与非日常(不能使用电器的状态)的描写,暗示人类社会是建立在脆弱的基础之上。副标题的意思是第三新东京市停止之日。这个标题是从科幻电影《地球停止之日》置换而来。)