아가사 박사님의 인솔 하에 소년 탐정단과 함께 베이카 수족관에 돌고래 쇼를 보러 오게된 코난은 약 1년 전에 감기에 걸려버린 소노코 대신 모리 란과 함께 있던 수족관에서 일어난 살인 사건을 회상한다. 부모의 별거를 끝내고자 사전답사를 온 란의 보조로 방문한 수족관에서 피의 냄새를 맡고서 사건 현장에 서둘러 접근, 메구레 경부를 부르고 사건 현장과 피해자 유체의 형상을 근거로 범인이 피살자의 지인이라 판단하고 현장에 남아 있던 휴대전화의 기록과 사건 주변에 있던 인물의 소지품을 토대로 3명의 용의자를 추려내는데...