Sydney continua a spacciarsi per Anna così da poter individuare gli scopi segreti del Quinto Profeta. L'agente è costretta a fare coppia con Sark per rintracciare l'indizio finale di Rambaldi prima dei suoi avversari. I due finiscono in una prigione italiana. Vaughn vede Isabelle per la prima volta. Rachel scopre che Tom sta facendo indagini per scoprire il mandante dell'omicidio della moglie.