Durch das Beenden des Ninuzzle wurde ein Rest des digitalen Ultrabösen freigesetzt, der in den Tiefen von Zanes Code überlebt hat. Nya kann den Code jedoch so umschreiben, dass das Ultraböse durch die Erinnerungen der Ninja bekämpft werden kann. Die Ninja nutzen daraufhin die Datenbank, um ihre epischsten Kämpfe und größten Siege Revue passieren zu lassen. Zunächst wirkt dies, dann jedoch begreift das Ultraböse, das es selbst auf die Daten zugreifen und den Ninja mit Erinnerungen an ihre Niederlagen Schaden zufügen kann. Es kommt zum Konflikt zwischen Ninja und Ultrabösem, gute und schlechte Erinnerungen wechseln sich ab, wobei beide Seiten einiges einstecken. Schließlich siegt das Gute - die Ninja erkennen, dass sie dem Ultrabösen immer überlegen sein werden, da sie etwas haben, das es nie besitzen wird: Freude, Zuneigung und Vertrauen, die das Ninja-Team zu dem machen, was es ist.